南京博物馆考古部门对南京大加恩寺遗址进行了全面、系统的考古发掘，先后发现和清理了北宋四年(1011年)修建的湘水河大桥、中轴线主干道、天王寺、大殿、观音寺、法塘殿等重要文物，以及北宋长干寺北侧的画廊基础。以七宝阿玉王塔和金棺银棺为代表的大量珍贵文物被出土，并取得了极其重要的考古成果。

下面对已发现的主要遗迹给予简单介绍：

1、香水河桥

香水河桥为石拱桥，桥面总宽745厘米，通厚65厘米，七层，砌筑于石板桥底上。

2、香水河河道

香水河桥之下即是香水河河道。河道横贯南北，河道的两岸与底部皆用长方形青条石铺砌。

3、中轴线主干道

在香水河桥和天王殿之间，沿着中轴线，发现了以长方形青石板铺砌的主干道。路面宽255厘米，残长23.75米，厚16-20厘米。

4、天王殿

天王殿为带有前廊与月台的五开间、三进深的大型建筑，整体呈“双凸字形”。它座落于夯土台基之上。

5、大殿

大殿位于北区正中心的位置。底部设置大型夯土台基，残存的高度约为5.2米。外围围绕一周宽度约为1.2米的基槽。殿内目前共发现两排6个大型石柱础。据文献记载，该殿“高七丈一尺五寸、深十一丈四尺三寸、长十六丈七尺五寸”，按照现代尺寸换算就是高22.67米、深36.23米、长53.1米。其长宽数据与我们此次发掘的实际状况基本吻合。

6、塔基

塔基位于大殿之后，与大殿皆位于大报恩寺遗址北区的中轴线上，距离大殿东侧基槽12米。平面呈正八边形，最大对径约为25米。从外至内分为五层结构，中心部为地宫，圆形地宫直径2.2米。地宫未遭盗掘，保存较好。