憨山大师出家后刚过半年，就开始参究《法华经》，四个月之后，他竟然就把这部博大精深的《法华经》给参通悟透了！于是，他就趁热打铁，一口气通贯了内外典籍。

到十九岁时，憨山大师就依从无极禅师受具足戒，又听讲《华严玄谈》，当他听到“十玄门海印森罗常住”的地方，悟通了“法界圆融无尽”的宗旨。这样，他便跟随云谷禅师在天界寺结禅参玄。

正当他发奋努力、尽心参证的时候，后背上却长了一个很大的毒瘤。大师就来到伽蓝神像面前，祈祷叩头，发愿努力诵念《华严经》，以三月为期，诵读十部，以见自己的坚贞决心。

就在三月之后完成诵念的一天清晨，大师蓦然发现：沉疴顽疽在转瞬之间，突然一去无踪了！

大师从开始住五台龙门到抄写《华严经》这四五年间，曾有过渗透着神通妙用及其悟证境界的梦境，从梦中可以了解大师在这一阶段的修行悟证境界。

有一次，大师梦见自己升向天空，当升到无边无际的高空时，又逐渐飘落下来，只见四周空空洞洞，没有一点东西，大地在天空的下面，像一枚镜子那样平滑光亮，有如琉璃镜的晶莹。

远远望去，在无穷的天空中，现出了一座广大无比的楼阁，铺天盖地，雄伟壮观。在楼阁中又现出了世间的人事往来，就连最小的市井鄙恶之事，也都容含在那里。

在楼阁的中央，设一紫金焰色的宝座。大师心里想：“这大概就是金刚宝座了。”大师对这座庄严妙丽、不可思议的楼阁非常欢喜，想走近它，可是转眼又想：“为什么在这清凉的世界中，有这些杂秽的楼阁呢？”这念头只一起，楼阁即刻远去了。

大师心中又想：“一切净秽的境界，都是由我心而生的。”思惟着心生万法的道理，楼阁又近了。

片刻之间看见金刚座前，侍立着许多身材高大、相貌端严的僧众。这时忽见一位比丘从金刚座后面出来，手捧一卷经书，径直走到大师面前，对大师说：“和尚叫我把这卷经书授予你。”

大师接过一看，全是黄金色的印度梵文，一字也不识。大师将经书收起后，即问那比丘：“那个和尚是谁？”比丘回答说：“是弥勒菩萨。”

大师非常高兴，然后跟随比丘引导入位，瞑目敛念而立。过了片刻，忽然听到罄的鸣击声，大师睁眼一看，弥勒菩萨已经登座。大师即在菩萨前恭敬地瞻仰顶礼，只见菩萨的面容，晃耀着紫磨金色的光彩，世间上再也没有比菩萨更庄严的了！

大师顶礼后心想：“今天菩萨特为我升座说法，那我就是当机者了。”于是大师长跪合掌，拿出经卷翻开。这时弥勒菩萨开示说：“分别是识，无分别是智。依识染，依智净。染有生死，净无诸佛。”大师听到这里，身心忽然顿空，只觉得声音从空中历历传来。

大师一觉醒后，菩萨开示的声音仍在耳边回荡。从此“识”与“智”的差别，完全了然清楚了。并知梦中所至之处，是弥勒菩萨的兜率内院。

天启二年，憨山大师又再次南下广东，来到昔日故地曹溪宝林寺。到了明熹宗天启三年 ( 公元 1623 年 ) 十月，憨山大师向众告别：“老僧世缘将至矣”，后焚香趺坐而逝。冥然西归佛国净土，世寿七十八。

就在这时候，一直汤汤流泻的曹溪水，突然全不见了踪影，溪流为之干涸，而寺宇周围数里，但听得百鸟哀鸣，频送凄凉。到了晚上，更是有金色光照冲天而起，使得漆黑如墨的暗夜，突然之间，竟然恍如白昼……

憨山大师的法体在寺宇中停放了三天之后，方始送入佛龛之中。但即使是此时，大师的容颜一如活着的时候，不见两样 ，而毛发髭须，也依然在一如既往地生长。在大师的鼻尖上还冒出些许汗珠！而且身体温软柔腻，全然不像已经圆化了几天的样子 ……

大师灵龛于天启四年正月二十一日归匡山。因匡山地多阴，不便安葬，经二十年后又从匡山重返广东曹溪。

大众开灵龛瞻视，见大师结双跏趺坐，面色鲜红，爪发犹生，衣服尚新，只是开龛以后立即见风零星飘碎。

当时有一僧人建议依天竺的方法，用海南栴檀末涂其体。众人同意他的作法，此僧人涂罢即离去不见。然后弟子们恭恭敬敬为大师肉身披上了千佛衣，供奉于憨山寺内。

新中国成立后，中国佛教协会首席发起人、中国佛教协会名誉会长，有“禅宗泰斗”之誉的虚云大师，曾在憨山大师肉身像前拈香礼拜时，说：

今德清，古德清，

今古相逢换了形。

佛法兴衰听时节，

入林入草不曾停。

故后世有人认为虚云大师就是憨山大师的转世，“佛法兴衰听时节，入林入草不曾停”，佛菩萨不舍众生，生生世世来了又去，去了又来，这即是佛菩萨的无尽悲怀。